从整体上看，我国的秸秆综合利用情况仍然不能令人乐观。各地发展也极不平衡，一些地区秸秆焚烧仍然屡禁不止，而一些地区秸秆已经成为不同利用方式间激烈竞争的资源。同时，综合开发利用又面临着技术不成熟、投资大、效益不稳定等问题。秸秆利用必须加大科学引导和政策扶植。
一是要因地制宜合理配置。各地自然条件不同，秸秆种类和数量各异，社会经济、产业化水平极不平衡，秸秆综合利用的方式需要科学合理的配置，避免产生不必要的竞争和资源分配失衡。
二是要坚持农业优先，实现循环利用。秸秆是农业生产的产物，是生物循环的重要组成部分。耕地质量的维持，土壤的可持续利用，必须依赖有机物归还。过度的工业利用，将会对生物循环、农业生产产生不利影响。但是，土壤有机质含量高低受气候、土壤等自然条件的制约，过量的归还也不能更多地提高土壤有机质含量。要制定不同区域有机物的还田量标准，通过秸秆直接还田、循环利用还田（畜禽粪便、沼渣沼液、菌糠菌渣以及高效有机肥等）保证土壤的可持续利用。要鼓励“秸秆—畜禽养殖—沼气—高效肥料—种植”等循环利用模式以及秸秆饲料、食用菌、沼气和高效有机肥料产业的发展。
三是要以市场为导向，实现高效利用。秸秆的工业化利用，是实现秸秆资源价值的重要途径。秸秆利用产业实现健康持续发展的关键，是开发生产出市场上需要的产品。要鼓励企业不断开发新产品，提高秸秆利用的附加值。