1.压实：压实好坏直接关系到制作成败的重要一环。如果压实不紧，窖内残存的空气不利于等秸秆发酵活干菌的生长，反而给霉菌、腐败菌创造了条件，造成霉烂变质等浪费现象。
2.密封：微贮秸秆如压实不好，上部密封不严容易造成窖上部霉烂变质。解决的方法是要按前面介绍的方法，盖上塑料薄膜后，在上面要压上20～30 厘米厚的土。以保证空气不能进入窖内。如果取土不便，工作量大，可采用河北省大厂县畜牧局的创新微贮法，在微贮秸秆上盖上30 厘米左右厚的氨化秸秆，然后盖上塑料薄膜，膜的四周用土埋好， 也可以解决上部因密封不严造成的霉烂现象。
3.微贮窖建造尺寸：要根据要饲养的牛、羊的头数决定，一般情况下，制作1窖微贮饲料，可供饲养2～3个月的数量即可，如常年饲养可多建几个微贮窖，以便交替使用。这样做的目的是避免开窖后，来不及饲喂，时间长了造成局部变质的问题。若一户只养1～2头牛，则建议使用塑料袋微贮。
4.微贮窖容积与重量计算：每立方米微贮窖可容纳200～300 千克干秸秆，压的越实，装的越多，既提高了微贮窖的利用率，又可保证微贮质量。