农机报废更新工作基本流程如下：
一、机具报废更新的申请。达到规定报废条件的拖拉机、联合收割机所有者，持本人身份证和村委会（或单位）证明，到所在县（市）农机监理部门登录报废机具有关信息，并填写《农业机械报废更新补贴申请表》，填写后交农业机械管理部门审核。
二、老旧机具的报废。老旧农机所有者（机主）自愿将拟报废的农业机械交售给承担农机报废更新试点工作的农机回收单位（简称回收单位）。回收单位核实《农业机械报废更新补贴申请表》内机主信息和报废农业机械信息后，向机主出具《报废农业机械回收证明》。回收证明由试点地区农机化主管部门统一印发。回收的农业机械由县级农机化主管部门监督农机回收单位进行解体或者销毁。回收单位需留存报废申请人与报废机具的拍照合影，以备核查。
三、老旧机具注销登记。机主依照《农业机械安全监督管理条例》及其配套规章，持《回收证明》等凭证，到当地县级农机化主管部门所属农机安全监理机构办理农业机械报废手续，注销农机牌证。县级农机安全监理机构留存《回收证明》复印件。
四、申请机具更新。机主凭《农业机械报废更新补贴申请表》和身份证件，向所在地县级农机化主管部门提出换购新机申请。通过审核的机主可优先获得拖拉机或联合收割机的购机补贴资格，由农机化主管部门为机主出具《农机购置补贴指标确认通知书》。报废一台农业机械，只能优先获得一台农业机械的购机补贴资格。各地依据下达的报废更新补贴资金额度，按照先申请先补贴的原则执行，资金额度用完即行终止。当地农机化主管部门要对补贴受益人进行公示，接受社会各界监督。
五、兑现补贴资金。农机报废更新补贴与农机购置补贴同步兑现。机主凭有效的《农业机械报废更新补贴申请表》、《农机购置补贴指标确认通知书》和身份证明到购机补贴经销商处购机，农民交所购新机的差价购机款。兑现的农机报废更新补贴额，不得高于机主实际购机款。